El primer paso en un programa de estudio genético es tener un genoma de referencia. Este representa la base sobre la cual vamos a medir la variabilidad genética y poder estudiar a nivel molecular qué hace que nuestras variedades tengan las características que tienen y como maximizar su potencial.
Incorporamos tecnologías de secuenciación de última generación en modalidad de lecturas cortas y largas (Illumina, Oxford Nanopore, Pacbio) para garantizar los ensamblados de máxima calidad.
La anotación de genomas con datos de transcriptómica nos permite darle sentido y lugar a la estructura de cada genoma.

Si bien una referencia es buena, muchas son mejor. Queremos ampliar la base de conocimiento en genómica y construir un pangenoma de Cannabis. Esto nos permitirá la comparación y estudio mas detallado de la genética y poder mapear mas del 80% de las lecturas, evidenciando variaciones a nivel de 1 nuecleótido (SNPs) dentro de todo el genoma o variaciones estructurales (CNVs, Indels). También seguir la información de cada alelo (phasing) como marcadores más informativos.

Comprender el contenido genético del germoplasma permite maximizar la diversidad y concentrar los esfuerzos de desarrollo en las variedades claves y con potencial. Podemos mirar genomas completos o regiones específicas que hacen de cada variedad única y mantener un inventario actualizado, homogéneo y seguro.

La adquisición de datos genotípicos a distintos niveles de profundidad representa una herramienta muy poderosa en el proceso de estudio y mejoramiento vegetal.
Permite el seguimiento de marcadores moleculares específicos para seleccionar características deseables (MAS, marker assisted selection) o desarrollar líneas puras o elite (MABC, marker assisted backcross).
Podemos identificar variedades con códigos moleculares únicos (Fingerprinting) como herramienta de identificación y seguridad o posibilitar la protección intelectual de desarrollos en genética del Cannabis.

La exploración genómica, proveniente de la adquisición de millones de datos puntuales repartidos por todo el genoma posibilita la identificación de locus de rasgo cuantitativo (QTL mapping) para asociar regiones genómicas a características valiosas y deseadas de un cultivo. Identificar e Incorporar atributos como resistencia, rendimiento, perfiles de cannabinoides específicos se encuentra al alcance si sabemos en dónde buscar.
A medida que incrementamos la cantidad de información asociada a los distintos genomas de Cannabis es posible utilizar herramientas de Aprendizaje automático para predecir los resultados del proceso de breeding molecular asistiendo en el mejoramiento de las variedades mediante estudios de asociación de genomas completos (GWAS) y Selección genómica (GS).

La integración de toda la información adquirida nos permite sentar las bases de un programa de breeding para expandir las capacidades genéticas de un germoplasma y tomar decisiones acerca de qué líneas conservar, que cruzar con que para obtener los mejores resultados en el desarrollo de la genética del Cannabis a medida.